聚丙烯酰胺，在生物制药行业应用中用量也是非常大的，在生产制药过程中主要用于发酵废水与污水排放两方面。生物制药在发酵培养中要使用药用微生物，经过压滤后发酵液通过化学手段进行提取，产生的废水需要通过聚丙烯酰胺进行沉淀。而污水排放中含有的化学成分比较高，通过聚丙烯酰胺进行脱水，对浮渣进行脱水外运，而废水则达到排放标准进行排放。
      在发酵培养中发酵废水中含有残渣，悬浮物以及微生物菌等，聚丙烯酰胺可作为混凝剂，使其沉淀下来，对微生物的抑制性明显降低。在生物制药污水处理过程，是通过污水处理系统进行处理的。一般是通过污水排污阀门控制流入格栅集水井后，由泵打入预曝调节池，经气泵充氧微孔曝气器曝气后由泵打入塔式气浮装置。在进入气浮池之前，将配置好的聚丙烯酰胺药液，在特定的PH值进行混凝气曝，气浮罐打入由空压机与溶气罐溶气好的溶气水，经与罐内释放器骤然降低压力的情况下，放出无数微小气泡，在上升过程中粘附絮凝上浮。形成一定厚度的浮渣，再由刮泥机刮入泥渣池，由排泥阀排入污泥池，污泥进一步浓缩后经添加高分子聚丙烯酰胺絮凝，脱水设备脱水，泥饼填埋或外运。一般来讲，这个流程是非常实用的。也是污水处理系统中比较常见的。
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